Nasceu no sítio Colominjuba, em Maranguape, CE, em 23 de outubro de 1853, e faleceu no Rio de Janeiro, em 13 de agosto de 1927. Filho do major da Guarda Nacional Jerônimo Honório de Abreu e Antonia Vieira de Abreu, casal que teve dezessete filhos, dos quais nove morreram pequenos e um ao nascer. Aprendeu as primeiras letras em Ladeira Grande, com o professor Luís Mendes, completando-as em Fortaleza, no Colégio de Educandos. As humanidades, estudou-as no Ateneu Cearense e no Seminário Episcopal do CE, sendo sempre um aluno sofrível. Seu biógrafo Hélio Viana transcreve um dos registros escolares: “em julho de 1866 foi aconselhado ao pai do referido aluno que o retirasse por algum tempo a fim de emendar de sua preguiça e vadiação”.

Há, porém, referência de um de seus condiscípulos que contesta, pelo menos em parte, tal observação. Talvez Capistrano fosse aluno displicente por causa de seu espírito inquieto e rebelde. Não se dedicava ao que lhe era imposto, mas ao que lhe agradava. Rodolfo Teófilo, essa colega, deixou escrito: “Quando entrei para o colégio (o Ateneu), em 1865, já o encontrei. Ele era uma exceção entre nós. Sempre pelos cantos, isolado, mal-amanhado, desasseado, e lendo, sempre lendo. Nunca tinha nota má nas lições, mas sempre era castigado por falta de asseio... Capistrano tinha nesse tempo uns doze anos, e já vivia sonhando, alheio ao que se lhe passava ao redor.” Foi num desses livros que, sofregamente, lia, o Iris Clássico, de Antônio Feliciano de Castilho, que o menino encontrou um capítulo que o fascinou: “Cultura e opulência do Brasil por suas drogas e minas”, assinado pelo pseudônimo Antonil, que ele mais tarde identificava como o jesuíta João Antônio Andreoni.

De 1866, ano em que foi afastado do Seminário, até 1869, quando seguiu para o Recife a fim de fazer um curso superior, viveu com os pais no velho sítio, buscando sempre nos livros o lazer que o satisfazia: “História, Geografia e Literatura eram então o objeto das suas preocupações e das suas vigílias”, escreve José Aurélio Saraiva Câmara, no belo livro biobibliográfico sobre o notável cearense.

Não foi longa sua permanência no Recife. O que se sabe é que passava os dias nas livrarias e bibliotecas, desleixando o estudo no Colégio das Artes. O resultado foi o retorno ao CE, onde o pai pensou em destiná-lo aos trabalhos agrícolas. Mas não teve êxito, tanto que, algum tempo depois, estava em Fortaleza, frequentando as rodas de jovens escritores e escrevendo para periódicos. O primeiro trabalho por ele publicado foi um estudo crítico sobre Casimiro de Abreu e Junqueira Freire, no semanário Maranguape.

O estudo das letras era, então, sua principal preocupação. É dessa época (20/12/1874) a conferência “A Literatura Brasileira”, ensaio teórico, no qual se manifesta as influências de Spencer, Taine e Comte, posteriormente publicado no jornal O Globo, do RJ.

Em 1875, mudou-se para o Rio de Janeiro, e seu primeiro emprego (não poderia ser mais adequado) foi o de caixeiro da livraria Garnier. Lecionaou, paralelamente, português e francês, no Externato Aquino e, em 1879, ingressou como redator na Gazeta de Notícias. Seu primeiro trabalho de crítica histórica fora publicado, entretanto, no ano anterior, no Jornal do Commercio de 16 e 20 de dezembro: o “Necrológio de Francisco Adolfo de Varnhagen, visconde de Porto Seguro”.

Foi também em 1879 que Capistrano foi admitido, como oficial, na Biblioteca Nacional, através de concurso em que obteve o primeiro lugar. Até então, sua produção, publicada em jornais, era predominantemente sobre temas literários. Foi na biblioteca que se desenvolveu o gosto, já antes manifestado, pela História do Brasil, principalmente a organização, por aquela repartição, da I Exposição de História do Brasil (1881) e do respectivo Catálogo. Pela colaboração prestada, recebeu, justamente com outros funcionários, o grau de cavaleiro da Ordem da Rosa.

O estudo da língua germânica e dos autores que renovaram a filosofia e a metodologia histórica da nova escola alemã iria ter imensa repercussão na sua posição diante da ciência histórica. A pesquisa documental, a leitura incessante dos clássicos da historiografia, a correspondência com mestres consagrados, dirigiram-no, então, ao concurso à Cátedra de História do Brasil do Colégio Pedro II, vaga com o falecimento de Joaquim Manuel de Macedo. Apresentou um tese pode-se dizer revolucionária: “O descobrimento do Brasil e seu desenvolvimento no século XVI”.

José Veríssimo considera que a tese de Capistrano distinguia-se das dos demais candidatos pelos “estudos próprios e a originalidade” e, “se não revelava um lente – um sujeito capaz de ler em aula, de cor ou não, a matéria a ensinar – mostrava claramente um professor capaz de fazer ele mesmo a sua ciência e de transmitir aos seus discípulos o gosto e a capacidade de a fazerem”. Sobre a defesa da tese, o jornalista alemão Von Koseritz, residente em Porto Alegre, mas que a assistiu, escreveu: “A tese de Capistrano, que trata com verdadeira mestria e grande saber do descobrimento do Brasil e do seu desenvolvimento o século XVI, era sem dúvida a melhor e tão excelente era que ia muito além dos horizontes dos dois limitadíssimos examinadores Moreira de Azevedo e Matoso Maia. Se o meu amigo Silvio (Romero), que também pertencia à Comissão, tivesse examinado, a coisa teria corrido de outra maneira. Mas foi um verdadeiro exemplo de dois examinadores ignorantes e intelectualmente limitados, aos quais o examinado superava de longe e que por isto, com ele se chocavam e se comprometiam a cada momento. Eles faziam as mais extraordinárias e, por vezes, mesmo, tolas objeções à tese do talentoso jovem, e via-se claramente como o Imperador se aborrecia com a incapacidade dos examinadores. O candidato bateu-os em toda linha e brilhou realmente à custa dos seus arguidores. Cada um deles examinou desta forma nada menos que satisfatória, cerca de meia hora, e assim que a hora tinha corrido o Imperador deu o sinal para cessar a brincadeira cruel” (Imagens do Brasil, SP, 1943, pág. 110).

Capistrano tomou posse do cargo em 1883 e o exerceu até 1899. Com a fusão da História do Brasil à História Universal, Capistrano insurgiu-se. Negou-se a lecionar a nova disciplina criada, preferindo entrar em disponibilidade. Desde então, mais que antes, mergulhou no estudo e na pesquisa.

Tem republicadas, em volumes, pela Soc. Capistrano de Abreu: O Descobrimento do Brasil e Seu Desenvolvimento no Século XVI, RJ, 1929; Caminhos Antigos e Povoamento do Brasil, 1930; Ensaios e Estudos (história e crítica), 3 v., 1932/38; Capítulos de História Colonial (1500-1800), 1934 (sem dúvida, sua obra maior); Primeira Visitação do Santo Ofício às Partes do Brasil, pelo Licenciado Heitor Furtado de Mendonça (Confissões da Bahia), 1935, Rã-txa-hu-ni-ku-i, 1934.

Em 1954, ainda como parte das comemorações de seu centenário de nascimento, José Honório Rodrigues reuniu e anotou, em três volumes, editados pelo INL, a correspondência ativa e passiva do grande historiador. Duas de suas mais importantes contribuições à nossa historiografia são os Prolegômenos, escritos para a edição da História do Brasil, de Frei Vicente do Salvador, e as notas, com Rodolfo Garcia e Oliveira Lima, à História Geral do Brasil, de Varnhagen (desde a 3ª edição integral).

Foi eleito sócio efetivo do IHGB em 19 de outubro de 1887.

Deve ser lembrada a opinião de Hélio Viana: “Porque se ao autor da História Geral do Brasil (Varnhagen) faltou a superior altitude dos julgamentos imparciais, que tanto eleva a missão do historiógrafo, isso não aconteceu ao escritor dos Capítulos de História Colonial. Ambos se igualam, porém, no valor das contribuições novas que trouxeram ao conhecimento do passado brasileiro nas descobertas documentais que realizaram, o primeiro como diplomata, nos arquivos e bibliotecas da Europa, o segundo sem sair do Brasil”.