O Arquivo do Instituto Histórico e Geográfico Brasileiro reúne hoje um valioso patrimônio documental: documentos manuscritos, oficiais e particulares, entre raríssimos, interessantes (sátiras políticas), sobretudo importantes ao conhecimento da história brasileira, organizados em dois fundos: Arquivos e Coleções Particulares - ACP e Coleção IHGB.
De seu patrono, d. Pedro II, possui numerosos autógrafos: exercícios de caligrafia, rascunhos de poesias e esboços de desenhos feitos durante as reuniões do Instituto, bem como o conjunto de diplomas que lhe foram conferidos por entidades científicas, literárias e religiosas, nacionais e estrangeiras.
Entre os muitos assuntos englobados pela documentação arquivística, destacam-se a política ultramarina de Portugal no tempo do Príncipe Regente d. João; a história naval brasileira, em documentação do Ministério da Marinha, transferida, em parte, para o Instituto Histórico e Geográfico Brasileiro pelo almirante Alexandrino Faria de Alencar; a evolução urbana da cidade do Rio de Janeiro, nos arquivos dos prefeitos do antigo Distrito Federal (atual município do Rio de Janeiro), André Gustavo Paulo de Frontin e Carlos César de Oliveira Sampaio - onde também são encontrados mapas, plantas e fotos dos eventos e obras realizadas - Ubaldino do Amaral Fontoura e Amaro Bezerra Cavalcanti. O acervo guarda ainda os arquivos dos presidentes da República, Prudente José de Morais e Barros, Epitácio Lindolfo da Silva Pessoa, Francisco de Paula Rodrigues Alves e Emílio Garrastazu Médici, e de personagens de destaque na vida pública nacional, como o senador José Tomás Nabuco de Araújo, Paulino José Soares de Sousa (visconde do Uruguai), José Bonifácio de Andrada e Silva e de sócios da instituição.
Encontram-se, também, disponíveis para consulta, em CD, os documentos manuscritos referentes a Alagoas, Bahia, Ceará, Códices I e II, Colônia do Sacramento e Rio da Prata, Espírito Santo, Goiás, Maranhão, Mato Grosso, Minas Gerais, Pará, Paraíba, Pernambuco, Piauí, Rio de Janeiro, Rio Grande do Norte, Rio Grande do Sul, Rio Negro, Santa Catarina, São Paulo, Secretaria do Conselho Ultramarino e Sergipe, extenso material pesquisado em Portugal, dentro do Projeto Resgate de Documentação Histórica - Barão do Rio Branco, do Ministério da Cultura.
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